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- 비상사태! 왕국이 발칵 뒤집혔다~ 괴물이 왕자가 된다니!!

달콤한 허니문에서 돌아온 슈렉과 피오나는 피오나의 부모님으로부터 ‘겁나먼’ 왕국의 초대를 받는다. 그러나 걱정과 기대를 안고 도착한 왕국은 공주 부부가 도착하자마자 발칵 뒤집히고 만다. 멋진 왕자님이 아닌 녹색괴물이 되어버린 슈렉과 피오나.

충격을 받은 피오나의 아버지 해롤드 왕은 피오나의 정혼남이었던 ‘프린스 챠밍’ 과 그의 엄마’ 요정 대모’의 협박까지 받게 되면서 슈렉을 제거하기 위해 전문 킬러 ‘장화신은 고양이’를 찾는다.

- “피오나와 함께 하기 위해서라면 못할 게 없다!”

슈렉은 숲 속에서 우연히 ‘장화 신은 고양이’를 만나지만 오히려 그 덕에 해롤드 왕이 자신이 없애기 위한 음모를 꾸미고 있다는 사실을 알게된다. 피오나의 왕자님이 되기 위해 슈렉은 ‘해피엔딩’ 전문인 ‘요정대모’를 찾지만 그녀는 피오나를 위해 떠나라며 슈렉의 가슴에 대못을 박는다. 결국 슈렉은 마법의 약을 만드는 공장에 몰래 잠입해 마침내 ‘행복해 지는 약’을 손에 넣는데 성공하지만…